AlexisLefebvre.com - Mot-clé - imagerie2023-07-06T21:46:34+02:00Alexis Lefebvreurn:md5:27efdec687e5c5adcae3e56885c52e81DotclearSeconde journée du colloque Recent Progress in Cellular Imaging for Neuroscience Researchurn:md5:d0b7f1f91acb128b65aaeca63ae75ddd2010-07-11T21:41:00+02:002010-07-11T21:07:00+02:00Alexis Lefebvrecolloqueimagerie<p>Le second et dernier jour de <a href="https://blog.alexislefebvre.com/post/2010/07/09/Premier-jour-du-colloque-Recent-Progress-in-Cellular-Imaging-for-Neuroscience-Research">ce colloque</a> s'est déroulé hier.</p> <p>Lors des ateliers, j'ai découvert la micro-dissection laser. Un laser est utilisé pour découper des sections (des carrés, des ronds ou n'importe quelle forme dessinée par l'opérateur) de coupes de tissus fixées sur des lames de verre. Ces sections peuvent être séparées des coupes et récupérées pour réaliser par exemple un extraction d'ARN. On peut ainsi travailler uniquement sur une seule assise cellulaire. J'ai ensuite assisté à la présentation des microtomes et vibratomes qui offrent la possibilité de réaliser des coupes de tissus frais ou de tissus protégés dans de la paraffine. Un microscope confocal <a href="http://microscope.olympus-global.com/en/ga/product/fv10i/" hreflang="en">Olympus FV10i</a> était en démonstration. Il présente l'avantage de concentrer tout les éléments d'un microscope confocal (source de laser, photomultiplicateurs, etc.) dans un seul boîtier compact. À l'inverse des microscopes confocaux classiques qui nécessitent une chambre noire, ce modèle peut être installé dans une pièce lumineuse ce qui en fait un microscope confocal <q>de paillasse</q>. Un logiciel dédié à ce microscope facilite son utilisation et la rend plus <em>conviviale</em>.</p>
<p>Une des conférences nous a fait découvrir l'utilisation de 3 marqueurs fluorescents différents utilisés conjointement pour étudier la migration des cellules du cervelet. En utilisant 2 copies des gènes de fluorescence, les chercheurs ont obtenu 9 colorations différentes qui ont permis de réaliser des vidéos très instructives où la migration des différents types de cellules a pu être observée.</p>
<p>Ce colloque <em>Recent Progress in Cellular Imaging for Neuroscience Research</em> m'a montré que l'imagerie proposait de nombreuses approches. Elle fait appel à de nombreuses compétences, que ce soit les statisticiens pour aider à analyser les résultats, les informaticiens pour la création de logiciels rendant ces techniques d'imagerie de plus en plus accessibles ou les physiciens dont l'expertise en imagerie (optique, etc.) est cruciale.</p>Premier jour du colloque Recent Progress in Cellular Imaging for Neuroscience Researchurn:md5:4483c70452fbfc39f8a3417e60ea08782010-07-09T19:10:00+02:002010-07-10T00:23:42+02:00Alexis Lefebvrecolloqueimageriequalité<p>Le colloque <a href="http://extranet.inserm.fr/evenements-agenda/recent-progress-in-cellular-imaging-for-neuroscience-research" hreflang="fr">Recent Progress in Cellular Imaging for Neuroscience Research</a> se tient aujourd'hui et demain à la Maison de l'Université de Mont-Saint-Aignan, juste à côté du bâtiment principal où je viens de réaliser mon <a href="https://blog.alexislefebvre.com/post/2010/02/22/D%C3%A9but-du-stage-de-Master-1">stage</a>.</p> <p>Ne connaissant quasiment pas les techniques d'imagerie, j'ai eu quelques difficultés à suivre les conférences en anglais mais j'ai quand même découvert quelques techniques intéressantes. Par exemple la <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/Microscopie_STED" hreflang="fr">microscopie STED</a> qui permet d'observer des synapses impossibles à voir avec les techniques <em>classiques</em>. J'ai découvert aussi le <a href="http://en.wikipedia.org/wiki/Connectome" hreflang="en">connectome</a> obtenu chez un poisson, <em>Gambusia affinis</em>, par Eduardo Rosa-Molinar en réalisant des coupes successives du tissu qui ont été assemblées pour créer une image en 3D du réseau des neurones. La <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/Pince_optique" hreflang="fr">pince optique</a> (<em>optical tweezer</em>) m'a particulièrement impressionné, elle rend possible la manipulation de cellules ou de vésicules sur une lame. Grâce à une application dédiée, une cellule peut être déplacée avec la souris. Une cellule peut être isolée ou rangée avec d'autres cellules selon le schéma que l'on souhaite. Cette technique permet aussi de mesurer la force de liaison d'un vésicule dans une cellule.</p>
<p>Lors de l'atelier d'aujourd'hui, j'ai découvert la science de la mesure, la <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/M%C3%A9trologie" hreflang="fr">métrologie</a>, avec l'exemple d'un microscope confocal<sup>[<a href="https://blog.alexislefebvre.com/post/2010/07/09/Premier-jour-du-colloque-Recent-Progress-in-Cellular-Imaging-for-Neuroscience-Research#pnote-49-1" id="rev-pnote-49-1">1</a>]</sup>. Le but des démarches de la métrologie est de quantifier les performances du microscope. Ceci appelle plusieurs questions : comment mesurer la performance d'un appareil ? Quels outils utiliser ? Quels critères doit-on juger ? Quels sont les tests à réaliser, les démarches à mettre en œuvre ? Quelles marges d'erreurs accepter ? En réalisant ces tests à intervalle régulier, on peut suivre l'évolution des performances du matériel et corriger les erreurs si c'est possible, ou faire appel au service après vente. Ce suivi s'inscrit dans une démarche de qualité qui est reconnu par des normes telles que <a href="http://fr.wikipedia.org/wiki/S%C3%A9rie_des_normes_ISO_9000" hreflang="fr">ISO 9001</a> qui sont très valorisantes pour l'entité qui a mis en place les démarches qualité.</p>
<p>La démarche qualité repose aussi sur d'autres principes tels que la traçabilité, ou comment garder une trace la plus précise possible de son travail. La notion d'étalon a donné lieu à des échanges très intéressants. Si par exemple on utilise un étalon d'une masse donné pour vérifier la mesure d'une balance, est-on sûr que sa mesure soit exacte ? Comment l'appareil qui a mesuré l'étalon a-t-il été étalonné ?</p>
<p>Appliquer ces principes à l'informatique reviendrait à tester chacun des algorithmes utilisés dans le <em>workflow</em> pour les valider et sauvegarder les données traitées, que ce soit les entrées ou les sorties du programme.</p>
<p>Au cours de cette première journée, j'ai découvert des techniques récentes très prometteuses et un exemple de démarche qualité qui m'offre des perspectives nouvelles pour mes prochains développements informatiques. Je suis donc très satisfait de ma première journée pour ce premier colloque auquel j'assistais.</p>
<p>Demain, je vais assister à 2 ateliers puis aux dernières présentations.</p>
<div class="footnotes"><h4>Notes</h4>
<p>[<a href="https://blog.alexislefebvre.com/post/2010/07/09/Premier-jour-du-colloque-Recent-Progress-in-Cellular-Imaging-for-Neuroscience-Research#rev-pnote-49-1" id="pnote-49-1">1</a>] par rapport à un microscope optique classique, il permet d'observer des coupes selon un plan dans l'épaisseur, sans que les couches au-dessus et en-dessous perturbent l'observation</p></div>