La Biologie Moléculaire "In Silico"
Par Alexis Lefebvre le mardi 9 juin 2009, 21:45 - Lien permanent
Aujourd'hui avait lieu ce TD qui rentre dans le cadre de l'unité Génétique Moléculaire. Son objectif était de nous faire découvrir les outils bio-informatiques utilisés en biologie moléculaire.
Nous avons utilisé ces portails :
- NCBI qui permet de faire des recherches sur les publications grâce à PubMed ou de trouver les séquences de gènes ou de protéines
- BIOSUPPORT qui propose différents outils
- ExPASy et ses outils
Nous avons utilisé le site du NCBI (en choisissant Nucleotide
) pour récupérer la séquence ADNc de la protéine d'intérêt au format FASTA, que j'avais déjà vu en option BioInformatique. Nous avons ensuite pu trouver les sites de restriction de cette séquence grâce à Webcutter et trouver le nombre de fragments après l'action d'une enzyme de restriction. Toujours grâce au site du NCBI (cette fois en choisissant Protein
), nous avons téléchargé la séquence protéique correspondant à ce gène. Son point isoélectrique et son poids moléculaire ont été calculés par le logiciel MWCALC.
Dans un second exercice, nous avons aussi utilisé MWCALC pour déterminer le nombre d'apparitions d'un acide aminé dans une protéine. Nous avons déterminé le nombre de sites potentiels de N-Glycosylation et leurs position(s) grâce à NetNGlyc. Enfin nous avons effectué un BLAST et nous avons déterminé que cette protéine appartenait à une super-famille de protéines exprimée chez de nombreux organismes.
Cette séance m'a permis de découvrir ces outils et comment les utiliser pour répondre à des problèmes concrets qui peuvent se poser en Biologie Moléculaire.