Option Bioinformatique #3
Par Alexis Lefebvre le vendredi 15 mai 2009, 19:09 - Lien permanent
Aujourd'hui, dans le 3ème TP de l'option Bioinformatique, nous sommes revenus sur les précédents cours puis nous avons continué à découvrir Python. Le cours a porté sur la lecture de fichiers texte, la création de fonctions et les dictionnaires (aussi appelés tableaux dans d'autres langages).
Le premier exercice consistait à créer une fonction pour retourner le brin complémentaire d'une séquence d'ADN et à l'utiliser sur chaque ligne de ce fichier exemple. Ainsi il faut remplacer un A par un T, un T par un A, un C par un G et un C par un G.
La consigne du second exercice était de modifier le code du premier exercice pour analyser un code ambigu issu d'un autre fichier exemple. Un code ambigu est produit par un séquenceur quand il n'arrive pas à lire une séquence avec exactitude, il retourne alors une autre lettre que A, T, C ou G en suivant une convention, par exemple la lettre M correspond à la base A ou C.
Ces exercices m'ont permis de réutiliser les connaissances en Python que j'avais apprisex lorsque j'avais suivi l'option Initiation à la programmation en 1ère année de Licence qui enseignait les bases de le programmation à travers le langage Python.
Logiciel utilisé :
- PythonWin, un environnement de travail Python pour Windows
