Option Bioinformatique #5
Par Alexis Lefebvre le vendredi 29 mai 2009, 19:20 - Lien permanent
Cette semaine nous avons découvert les modules de Python, comment les appeler et les utiliser. Nous avons ensuite appris à utiliser les expressions régulières.
Comme souvent avec Python, la syntaxe est plus abordable que celle de PHP. Grâce à ce retour aux bases, j'appréhende mieux les expressions régulières, et ce quel que soit le langage.
L'exercice du jour consistait à modifier le code de la séance précécente pour trouver un motif dans les séquences d'ADN d'un fichier FASTA. C'était un bon exemple d'une utilisation réelle des expressions régulières et de Python dans le cadre d'une étude génétique. On a observé comment un motif pouvait se retrouver chez différents organismes en ayant subi plusieurs délétions, additions ou substitution de bases.
Logiciels utilisés :