Option Bioinformatique #6 : découverte de BioPython

Par Alexis Lefebvre le vendredi 5 juin 2009, 16:44 - Lien permanent

Aujourd'hui nous découvrons BioPython, un module pour Python dédié à la Biologie.

BioPython intègre des fonctions qui font la même chose que les fonctions que nous avons codées dans les TPs précédents. On peut ainsi facilement lire des fichiers aux formats FASTA ou GenBank. BioPython permet aussi de transcrire ou traduire des séquences d'ADN et d'ARN en quelques lignes de code. Nous avons ensuite découvert les itérateurs de BioPython. Enfin nous avons utilisé les itérateurs pour extraire des séquences d'ADN et les transcrire (en ARNm).

Logiciels utilisés :