Quel langage informatique pour travailler avec des données biologiques ?
Par Alexis Lefebvre le jeudi 18 juin 2009, 19:52 - Lien permanent
En cours de BioInformatique, nous avons découvert BioPython. Ce framework a-t-il des équivalents ? D'autres langages ont-ils leur Bio* ?
Mes recherches sur Bio* (BioPython, BioJava, BioPascal, etc.) dans différents langages parmi les plus populaires m'ont montré que chaque langage a sa version de Bio*. Mais sont-ils autant utilisés ? Pour comparer la popularité de ces frameworks, j'ai choisi de comparer le nombre de résultats retournés par les principaux moteurs de recherches (Google, Yahoo! et Bing) lors d'une recherche sur leur nom. Cette méthode est très discutable mais elle a le mérite d'estimer l'utilisation de ces logiciels.
| Mot recherché | Yahoo! | Bing | Moyenne | |
|---|---|---|---|---|
| BioC# (BioCsharp) | 671 | 51 | 21 | 743 |
| BioC++ | 227 | 173 (BioCpp) | 102 (BioCpp) | 502 |
| BioJava | 96 900 | 280 000 | 376 900 | |
| BioPerl | 281 000 | 612 000 | 184 000 | 1 077 000 |
| BioPHP | 89 100 | 84 100 | 173 200 | |
| BioPython | 95 500 | 156 000 | 113 000 | 364 500 |
| BioRuby | 34 300 | 89 700 | 19 500 | 143 500 |
Bing renvoie des nombres aberrants pour BioJava et BioPHP, pour ce dernier Bing mélange les vrais résultats de BioPHP avec les pages dont le nom contient bio.php mais pour BioJava je n'ai aucune explication.
D'après ces résultats, nous pouvons établir ce classement :
- BioPerl (1 077 000)
- BioJava (376 900)
- BioPython (364 500)
Alors, faut-il abandonner Python et passer à Perl ou Java ? Certainement pas. Néanmoins il faudra garder à l'esprit que BioPython n'est qu'un environnement de travail parmi d'autres.