Fin du stage de Master 1

Par Alexis Lefebvre le jeudi 8 juillet 2010, 15:53 - Lien permanent

Mon stage s'est terminé le 25 juin, je l'ai présenté le mardi 6 juillet. À l'issue de cette soutenance, j'ai appris que j'étais admis en Master 2.

Le but de mon stage était de déterminer si l'administration d'alcool (éthanol) provoquait une différence d'expression des protéines entre des lots d'animaux traités et des animaux ayant reçu du sérum physiologique (les contrôles).

Pour étudier les protéines du cervelet, un protocole pour extraire des protéines à partir de cervelets de rats de 8 jours a dû être mis au point. Les détergents habituellement utilisés sont proscrits par l'utilisation du spectromètre de masse. Il fallait donc se passer de détergents tout en essayant d'extraire une quantité maximale de protéines à partir des tissus. Une fois extraites, les protéines ont été digérées en peptides. Ces peptides ont été marqués grâce à la technique iTRAQ [1]. Les intensités des marqueurs iTRAQ, qui correspondent aux abondances relatives des peptides dans les 4 échantillons, ont été mesurées par un spectromètre de masse de type Q-TOF. La détermination des rapports entre les intensités des rapporteurs iTRAQ permet de déterminer les rapports d'expression des protéines entre les échantillons traités par éthanol ou non traités. Pour nous aider dans l'identification des protéines régulées par la présence d'éthanol, nous avons utilisé le logiciel en langage R iQuantitator[2]. Ce logiciel s'utilise en ligne de commande, pour rendre son utilisation plus conviviale, j'ai créé un site Web reposant sur les langages PHP et XHTML et CSS sur un ordinateur de la Plate-forme de Protéomique. Le langage PHP gère l'accès aux dossiers et aux fichiers, la présentation du site est écrire en XHTML et CSS.

Grâce à ces outils, j'ai obtenu une liste de protéines dont l'expression est modifiée par l'administration d'éthanol.

Notes

[1] Ross PL, Huang YN, Marchese JN, Williamson B, Parker K, Hattan S, Khainovski N, Pillai S, Dey S, Daniels S, Purkayastha S, Juhasz P, Martin S, Bartlet-Jones M, He F, Jacobson A, Pappin DJ, 2004, Multiplexed protein quantitation in Saccharomyces cerevisiae using amine-reactive isobaric tagging reagents, Mol Cell Proteomics. 2004 Dec;3(12):1154-69 (PMID: 15385600)

[2] Schwacke JH, Hill EG, Krug EL, Comte-Walters S, Schey KL, 2009, iQuantitator: a tool for protein expression inference using iTRAQ, BMC Bioinformatics. 2009 Oct 18;10:342 (PMID: 19835628)